در کنار کتابخانه عمومی در موسسه کتابخانه تخصصی هزاره شناسی نییز راه اندازی گردید.
کتابخانه هزاره شناسی، کتابخانه ی تخصصی است که در مورد هزاره و شیعیان افغانستان در نظر گرفته شده است و هدف این است که همه آثار، اسناد و مدارکی که در مورد هزاره تولید شده است در کتابخانه مذکور جمع آوری گردد. بصورت کلی برای کتابخانه هزاره شناسی منابع زیر لازم است جمع آوری و تهیه گردد:
- کتاب: مقصود هر کتابی است که بصورت مستقل در مورد هزاره و شیعیان افغانستان نوشته شده باشد و یا بخش آن در مورد هزاره و شیعیان افغانستان باشد. کتاب از لحاظ زبانی نیز فرق نمی کند که به هر زبانی باشد.
- مجله: هر مجله و به هر زبانی که در آن مقاله ی در مورد مردم هزاره و شیعیان افغانستان باشد.
- روزنامه، گاه نامه و هفته نامه: که در آن مطلبی در مورد هزاره و شیعیان افغانستان وجود داشته باشد.
- پایان نامه و منوگراف: که در مورد هزاره و شیعیان افغانستان باشد و یا بخش آن در باره هزاره و شیعیان افغانستان باشد.
- دایره المعارف: که در مورد هزاره و یا بخشی در مورد هزاره و شیعیان افغانستان اختصاص یافته باشد.
- زندگی نامه: زندگی نامه یکی از افراد هزاره و یا شیعه افغانستانی.
- مجموعه مقالات: که در آن در باره مردم هزاره و شیعیان افغانستان مطلب وجود داشته باشد.
- سفرنامه ها: سفر به هزارستان
- اثر و اسناد و مدارک: اثر علمی، تاریخی، هنری، قباله، نمونه از نکاح نامه، طلاق نامه، تقسیم خط، وصیت و… که از شخصیت هزاره و شیعه افغانستان باشد.
- فیلم و عکس: که در مورد منطقه و مردم هزاره و شیعه افغانستان باشد.
- اثر محقق افغانستانی: کتابخانه هزاره شناسی همچنین در نظر دارد هر اثر تحقیقی اعم از مقاله، کتاب، مجله، پایان نامه و… را جمع آوری کرده و آرشیف نماید.